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菏泽有蓝色牡丹品种，曹州牡丹园牡丹品种最多，有蓝牡丹，其他牡丹园有的也有栽植蓝牡丹品种，栽植数量少一些。
菏泽牡丹有1100多个品种，各色系的菏泽牡丹都有名贵品种，如“掌花案”花开似火，红光灿，为红色之魁；“酒醉杨妃”红装素裹，低头掩面，暗送秋波；“梨花雪”开若梨花，雪白一片，称白中之冠；“昆山夜光”花开奇白，黑夜依然，古谓之“灯笼”；“姚黄”金楼千层，世称花王；“青龙卧墨池”如龙卧墨，黑中之奇；“冠世墨玉”黑紫如缎，洁而有光；“蓝绣球”开如绣球，蓝色之冠；“赵粉”粉面桃花迎人笑，郁郁芳香飘四野；“粉二乔”粉紫同株，双娇可爱；“魏紫”色紫浅淡多娇艳，古老品种称“花妃”；“娇容三变”初开时碧绿，盛开时红艳，将谢时素白，十日三变，堪称奇品……菏泽也是中国最大的牡丹生产、科研、观赏基地，牡丹的种植面积、科研培植、观赏出口当称世界之最。
菏泽牡丹属中原牡丹种群，花色丰富多彩，花型千变万化。现在菏泽牡丹已经发展为花色有粉色、红色（含紫红色）、紫色、蓝色、黄色、白色、黑色、绿色、复色总九大色系，各色系有深、淡、浓之分。根据花朵形态和雌雄进化程度，分为单瓣型、荷花型、菊花型、托桂型、蔷薇型、金环型、皇冠型、绣球型、干台阁型、楼子阁型共十个花型。
在中国牡丹的大家族里，菏泽牡丹现有近800个品种，经全国花协命名的600多个品种。传统上分三类、十型和九大色系。花大、型美、色艳，是菏泽牡丹的显著特点。古人曾用“花在盈尺”，形容其大；“千片赤英霞烂烂，百枝绛点灯煌煌”描述其形貌瑰丽。
菏泽牡丹的三类是单瓣、复瓣、千瓣。单瓣类，花大如盘；复瓣类，瓣在清晰；千瓣类，花瓣重叠繁密。
菏泽牡丹的十型是荷花型、菊花型、金蕊型、蔷薇型、金环型、托桂型、千层台阁型、楼子台阁型、皇冠型和绣球型。
菏泽牡丹的九大色系是红、白、黄、黑、粉、紫、蓝、绿和复色。
1、红色花系，是牡丹园的大家族，品种多达200余个，其中还有深浅之分。如“一品朱衣”，猩红欲流，芳冠百花；“春红娇艳”，朝霞藏日，光彩陆离；“红绣球”，深浅相间，胭脂染成。
2、黄色花系，如“姚黄”、“金玉交章”，端庄典雅，姿貌绝伦。
3、白色花系如“冰壶献玉”、“昆山夜光”、“玉板白”等素洁无暇，清爽袭人
4、蓝色花系虽不如红色品种多。但却也姐妹成群。“蓝宝石”、“蓝花魁”、“紫蓝葵”、“吊枝蓝”、“冷光蓝”、“蓝田玉”，都是牡丹之中的上品，这“蓝田玉”就是清代曹州花农赵玉田精心培育而成的。此花支形增开张，花蕾圆大，花开时呈浅粉蓝色，花朵直上，蓝光闪闪，非常惹人喜爱。当时，曹州知府马帮举对此花大加赞赏，曾亲笔题写“似兰如松”匾牌授予了赵玉田。
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